L'église Saint-Jean est aménagée dans la falaise calcaire que domine le château d'Aubeterre. C'est à mi-hauteur de la colline que commence le creusement d'un vaste sanctuaire. Les travaux s'achèvent 20 mètres plus bas. La commande en est généralement attribuée à Pierre de Castillon, seigneur du château d'Aubeterre au début du 12e siècle. Le site comprend une grande église avec une crypte et des « salles » aux fonctions indéterminées à ce jour.

Au 15e siècle, un hypothétique effondrement de la roche aurait entraîné la disparition de l'église. Toutefois, la fonction cultuelle du site semble subsister. Au 17e siècle, des travaux sont entrepris ; une petite chapelle est notamment érigée sur les ruines de l'ancienne église.
À la Révolution, le sanctuaire sert de carrière de salpêtre puis, au 19e siècle, de cimetière.
C'est au début du 20e siècle que l'intérêt du site est reconnu ; il est classé au titre des monuments historiques en 1912. Les travaux de dégagement et de mise en valeur en valeur sont réalisés dans la seconde moitié du 20e siècle.

Le site est aujourd'hui moins vaste que le sanctuaire primitif qui comprenait, à l'emplacement de l'actuelle entrée, l'église rupestre. Orientée est-ouest, celle-ci était composée d'un vaisseau central flanqué de quatre collatéraux et d'une crypte creusée sous la nef principale. La crypte a été redécouverte en 1961.

Les transformations successives du lieu ont modifié la circulation initiale à l'intérieur du sanctuaire : aujourd'hui, on franchit les ruines de l'église pour pénétrer dans les salles qui, à l'origine, y donnaient accès.
La première salle que l'on visite est haute de 17 mètres. De plan rectangulaire, avec une abside aménagée dans la paroi nord, elle est divisée en deux espaces de largeur inégale par deux piliers monolithes octogonaux et couverte d'une voûte taillée dans la roche. Un escalier creusé dans la paroi ouest donne accès à une galerie haute entourant la salle sur trois côtés ; elle communiquait par un étroit couloir souterrain avec la cour du château.
L'abside nord abrite un rare reliquaire en pierre octogonal à deux niveaux. Cet édicule n'était peut-être pas le seul reliquaire de la salle. Plusieurs fosses semi-circulaires aménagées dans le sol pourraient avoir accueilli des reliques. Cette hypothèse a été notamment formulée par des archéologues qui ont travaillé sur le site en 2008 et 2010. Cependant, l'une des fosses, ornée d'une croix taillée en creux et dotée d'une rigole pour une alimentation en eau, pourrait avoir servie de cuve baptismale.
La grande salle communique par un passage percé dans la paroi sud avec un second espace rupestre. Orienté est-ouest, il servait vraisemblablement d'entrée au sanctuaire. Il a été progressivement transformé en cimetière, comme en témoignent les nombreux sarcophages creusés dans le sol.

Une autre église a également été édifiée à Aubeterre à l'époque romane. Il s'agit de l'église Saint-Jacques dont il subsiste la large façade richement ornée qui se développe autour d'un profond porche.

Photographies : © Région Poitou-Charentes, inventaire général du patrimoine culturel, G. Beauvarlet (6) 2009, A. Maulny, (1,3) 1981-1985, C. Rome(2,4,5,7,8,9,10) 2014